Uniwersytet Ignatianum w Krakowie jest wyższą uczelnią katolicką z prawami państwowymi prowadzoną przez Prowincję Polski Południowej Towarzystwa Jezusowego. Działalność uczelni możliwa jest na podstawie Umowy między Rządem Rzeczypospolitej Polskiej a Konferencją Episkopatu Polski w sprawie statusu prawnego szkół wyższych zakładanych i prowadzonych przez Kościół Katolicki, w tym uniwersytetów, odrębnych wydziałów i wyższych seminariów duchownych, oraz w sprawie trybu i zakresu uznawania przez Państwo stopni i tytułów nadawanych przez te szkoły wyższe (Dz. U.  1999 nr 63 poz. 727).

Uniwersytet Ignatianum w Krakowie posiada uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora i doktora habilitowania w sześciu dyscyplinach, zawierających się w trzech dziedzinach nauk: w naukach humanistycznych, w naukach społecznych i w naukach o rodzinie. W dziedzinie nauk humanistycznych są to następujące dyscypliny: filozofia (kategoria „A”) oraz nauki o kulturze i religii (kategoria „A”). W dziedzinie nauk społecznych dyscypliny te, to: pedagogika (kategoria „A”), nauki o polityce i administracji (kategoria „B+”), i psychologia (kategoria „B+”). Natomiast w dziedzinie nauk o rodzinie jest to dyscyplina: nauki o rodzinie.

Początki krakowskiego ośrodka dydaktyczno-naukowego prowadzonego przez jezuitów sięgają końca XIX wieku. Poprzez uznanie przez władze państwowe tej jednostki w 1989 roku, Wydział Filozoficzny Towarzystwa Jezusowego, mógł zainaugurować kształcenie laikatu. Przez kolejne dziesięć lat ośrodek rozwijał się i otwierał kolejne kierunki studiów, przez co przekształcił się w 1999 roku w Wyższą Szkołę Filozoficzno-Pedagogiczną „Ignatianum” w Krakowie. Od 1 października 2011 roku, uczelnia zaczęła posługiwać się nazwą Akademia Ignatianum w Krakowie.

Zgodnie z Dekretem Przełożonego Generalnego Towarzystwa Jezusowego, Wielkiego Kanclerza Akademii Ignatianum w Krakowie Arturo Sosy SJ, w sprawie zmiany nazwy Uczelni, od 1 października 2023 r. Akademia Ignatianum w Krakowie zmienia nazwę na Uniwersytet Ignatianum w Krakowie. Zmiana ta była możliwa dzięki uzyskaniu przez Akademię uprawnień do nadawania stopnia naukowego doktora i doktora habilitowanego w sześciu dyscyplinach naukowych i w trzech dziedzinach nauk.

Uniwersytet Ignatianum w Krakowie (UIK) jest jedną z blisko dwustu uczelni jezuickich na całym świecie słynących z prestiżu oraz wysokiego poziomu nauczania. Oba Wydziały Uniwersytetu posiadają prawa nadawania tytułu zawodowego magistra. Na obu Wydziałach w Krakowie są prowadzone także studia III stopnia (doktoranckie). Nazwa uczelni „Ignatianum” została wprowadzona na początku lat 90. ubiegłego wieku i nawiązuje do założyciela zakonu jezuitów: św. Ignacego z Loyoli.